A Direcção Geral é o órgão máximo de decisão na Instituição. Esta é composta por  um Director-Geral coadjuvado por Director Científico.

São competências da Direcção Geral:

• Assegurar o funcionamento do IPHLLN;
• Submeter a proposta do Regulamento Interno e da criação do quadro de pessoal à entidade de tutela;
• Convocar e dirigir o Conselho de Direcção e o Conselho Científico;
• Propor à entidade de tutela a nomeação dos titulares das unidades orgânicas;
• Nomear os titulares de unidades orgânicas de sua competência;
• Coordenar a execução das decisões do Conselho de Direcção do IPHLLN;
• Zelar pela aplicação da legislação relativa ao Estatuto Orgânico do IPHLLN, e demais legislação vigente na Função Pública;
• Coordenar a implementação de programas e projectos de pesquisa relacionados com a História e o Património da Luta de Libertação Nacional, da Defesa da Soberania e da Democracia;
• Criar comissões técnicas e especializadas;
• Propor a aprovação da Política de Pesquisa da História da Luta de Libertação Nacional, da Defesa da Soberania e da Democracia e a estratégia da sua implementação;
• Celebrar contratos e acordos com terceiros inerentes as actividades do IPHLLN;
• Garantir a provisão de recursos financeiros e materiais, para execução das actividades da Instituição;
• Promover iniciativas, visando a angariação de parcerias para apoio técnico e financeiro aos projectos; 
• Apresentar à entidade de tutela os planos, projectos e relatórios anuais das actividades do IPHLLN;
• Representar o IPHLLN nos planos nacionais e internacionais;
• Garantir a correcta gestão dos recursos humanos, financeiros e patrimoniais do Instituto;
• Assegurar a promoção e realização de intercâmbio com instituições congéneres nacionais e estrangeiras.